Ngay sau Lễ bốc thăm Champions League, Liên đoàn bóng đá châu Âu (UEFA) cũng đã tiến hành chia các cặp đấu ở vòng tứ kết Europa League mùa giải 2016-17.

Theo kết quả bốc thăm, Anderlecht sẽ chạm trán Manchester United, Celta Vigo gặp Genk, Ajax đối đầu với Schalke. Cặp đấu còn lại sẽ là cuộc chạm trán giữa Lyon và Besiktas.

Lượt đi vòng tứ kết sẽ diễn ra vào ngày 13.4 và lượt về ngày 20.4. Ngay sau lượt về một ngày, UEFA sẽ tiến hành bốc thăm vòng ​bán kết Europa League.

​Các trận đấu ở vòng bán kết diễn ra vào ngày 4.5 và  11.5. Trận chung kết sẽ diễn ra vào ngày 24.5 tại sân Friends Arena (Solna, Thụy Điển).