Lần đầu tiên đến thăm lục địa này kể khi khi lên ngôi giáo hoàng, Đức Thánh Cha Benedict 16 từ chối nới lỏng chủ trương của Vatican đối với vấn đề sử dụng bao cao su ngừa thai và ngừa bệnh liệt kháng. Theo Liên Hiệp Quốc,  Phi Châu là nơi có nhiều người bị bệnh AIDS hơn bất cứ nơi nào trên thế giới.

Theo số liệu của cơ quan y tế WHO thì tại Phi Châu, có hơn 22 triệu người bị nhiễm siêu vi HIV. Có 9 trong 10 trẻ bị HIV sống ở lục địa này trong đó có 11.4 triệu em bị mồ côi do bệnh AIDS.  Năm 2007, có 1.5 triệu người ở Phi Châu chết vì bệnh liệt kháng.

Phát biểu trên đường tới thủ đô Cameroon, Đức Thánh Cha nói việc phát bao cao su chỉ làm tăng thêm vấn đề.  Tòa thánh thúc dục mọi người phải kiêng khem tình dục.

Đức Giáo Hoàng còn tới thăm Angola trong chuyến thăm kéo dài một tuần, nơi hàng ngàn tín đồ sẽ đến tham gia các buổi lễ ngoài trời do ngài chủ tế.

Theo số liệu của Vatican, số người theo đạo Công giáo tại châu Phi gia tăng mạnh trong những năm gần đây. Số lượng người theo đạo Công giáo chiếm khoảng 17% dân số Châu Phi vào năm 2006, so với mức 12% vào năm 1978.

Trước khi lên đường, Đức Giáo hoàng Benedict 16 nói ngài muốn giang tay ôm trọn Phi Châu, “với những nỗi đau cũng như tiềm năng khổng lồ và hi vọng” của đại lục này. Đức Giáo hoàng nói rằng giải pháp là ở “sự thức tỉnh của con người và lương tri” và “sự bầu bạn với những người gánh chịu căn bệnh”.

Đức Giáo hoàng dự tính sẽ nói chuyện với các thanh niên về bệnh AIDS và giải thích với họ tại sao Giáo hội Công giáo lại khuyến nghị việc kiêng khem tình dục là cách tốt nhất để ngăn ngừa bệnh lan truyền.

Ngài cũng đã đưa ra một thông điệp tương tự cho các giám mục Phi Châu khi họ tới Vatican vào năm 2005. Lúc đó ngài cũng đã nói với họ rằng kiêng khem và chung thủy -chứ không phải bao cao su- là biện pháp để giải quyết dịch HIV/AIDS.

Quan điểm này của Đức Giáo hoàng Bennedict 16 gây ra nhiều tranh cãi và bị nhiều tổ chức y tế quốc tế chỉ trích.